Некоторые экологические проблемы в бассейне реки Яна:

• Геохимические аномалии. 1 В 2022 году учёные обнаружили в верховьях реки Дулгалах (одной из составляющих Яны) редкие геохимические аномалии, связанные с содержанием редкоземельных металлов (самария и гадолинии). 1
• Загрязнение после лесных пожаров. 4 В 2021 году в реке Яне зафиксировали загрязнение, которое, по мнению экологов, связано с лесными пожарами 2018–2020 годов. 4 Они вызвали интенсивное развитие термокарстовых и термоэрозионных процессов, что повлекло помутнение воды. 4
• Риск наводнений. 3 Во время прохождения весеннего половодья и летних паводков как минимум семь населённых пунктов в бассейне реки Яна подвергаются риску затоплений. 3