Некоторые экологические проблемы, которые существуют в дельте реки Юкон:

• Выделение ртути. 13 Из-за таяния вечной мерзлоты в реку попадает значительное количество ртути, которая накапливается в живых организмах, в том числе в рыбе. 13 Учёные прогнозировали, что к 2050 году уровень ртути в реке превысит государственные нормы безопасности. 1
• Разлив нефтепродуктов. 2 Таяние мерзлотной почвы из-за потепления климата может вызвать деформацию резервуаров, что приведёт к разливу нефтепродуктов. 2 Это вызовет серьёзные экологические проблемы в дельте Юкона и нанесёт удар по промыслам местных жителей. 2
• Ледяные заторы и наводнения. 5 С конца XX века из-за глобальных климатических изменений речной лёд вскрывается раньше по весне, что приводит к ледяным заторам и наводнениям, особенно в районе Доусона. 5
• Влияние сброса сточных вод. 5 На экологическую обстановку в регионе влияет сброс в Юкон сточных вод Уайтхорса и меньших населённых пунктов ниже по течению. 5