Некоторые экологические последствия деятельности нитрифицирующих бактерий:

• Образование нитратов и нитритов. 1 Эти вещества поступают в растительную продукцию и мигрируют в грунтовые и поверхностные воды. 1 Накопление нитратов в водоёмах делает воду непригодной для питья и вызывает замор рыб. 2
• Обеднение почвы азотом. 1 В процессе денитрификации нитраты восстанавливаются до элементарного азота и аммиака, что обедняет почву азотом. 12
• Разрушение оросительных и осушительных сооружений. 2 Образующаяся азотная кислота может разрушать различные сооружения. 2
• Накопление селитры. 2 В пустынных почвах из-за деятельности нитрифицирующих бактерий возникают нитратные солончаки и даже небольшие залежи селитры. 2

С другой стороны, деятельность нитрифицирующих бактерий также способствует плодородию почв, поскольку нитраты хорошо усваиваются растениями, а под влиянием азотной кислоты из минералов высвобождаются питательные элементы. 2