Несколько экологических особенностей архипелага Чагос, которые делают его важным биологическим регионом:

• Разнообразие кораллового покрова. 4 Он плотный даже на большой глубине и на крутых внешних склонах рифов. 4 В этом районе обитает 220 видов кораллов, в том числе разновидность мозгового коралла, которая считается эндемиком атолла. 4
• Разнообразие рыб. 4 В регионе было идентифицировано по меньшей мере 784 различных вида, включая рыбу-клоуна Чагоса, которая является эндемиком архипелага. 4
• Важность для черепах. 4 Острова архипелага являются жизненно важными местами гнездования зелёных и ястребиных черепах. 4 Популяции черепах считаются имеющими международное значение, так как ястребиный клюв занесён в Красную книгу МСОП как находящийся под угрозой исчезновения, а зелёная черепаха также находится под угрозой. 4
• Разнообразие млекопитающих. 4 Окружающая среда архипелага обеспечивает богатое биоразнообразие и поддерживает разнообразие видов китообразных, таких как три популяции голубых китов и зубатые киты. 4
• Важность для птиц. 14 На архипелаге обитает восемнадцать различных видов гнездящихся птиц, а десять его островов были отнесены Birdlife International к Важным районам обитания птиц, что делает регион самым разнообразным сообществом гнездящихся морских птиц в этом тропическом регионе. 4