Некоторые экологические функции, которые выполняют инфузории в природных водоёмах:

• Утилизация органического вещества. 2 Инфузории потребляют бактерии, детрит, водоросли, цисты патогенных червей, а также других простейших и даже многоклеточных (например, коловраток). 2
• Создание кормовой базы. 2 Инфузории — неотъемлемая часть пищевого рациона разных групп многоклеточных гидробионтов: ракообразных и коловраток, личинок беспозвоночных и мальков рыб. 2
• Биологическая очистка воды. 2 Инфузории осветляют воду, поглощают болезнетворных бактерий, способствуют образованию хлопьев активного ила. 2
• Индикация состояния экосистемы водоёмов. 1 По наличию, состоянию и поведению инфузорий можно судить о степени изменений окружающей среды, в том числе о присутствии загрязняющих веществ. 1