Структура центрального аппарата Министерства транспорта Российской Федерации включает 15 департаментов: 2

1. Департамент государственной политики в области гражданской авиации. 23
2. Департамент государственной политики в области дорожного хозяйства. 23
3. Департамент государственной политики в области автомобильного и городского пассажирского транспорта. 23
4. Департамент государственной политики в области железнодорожного транспорта. 23
5. Департамент государственной политики в области морского и внутреннего водного транспорта. 23
6. Департамент международного сотрудничества. 23
7. Департамент правового обеспечения и законопроектной деятельности. 23
8. Департамент развития инфраструктуры. 23
9. Департамент экономики и проектов. 23
10. Административный департамент. 23
11. Департамент транспортной безопасности. 23
12. Департамент финансов. 23
13. Департамент государственной политики в области обустройства пунктов пропуска через государственную границу. 23
14. Департамент цифрового развития. 23
15. Специальный отдел. 23