Железобактерии участвуют в формировании экологической структуры водоёмов следующим образом: они окисляют двухвалентное железо, растворённое в воде, до трёхвалентного. 34 После окисления оксиды железа увеличиваются в размерах, соединяются друг с другом и оседают на дне водных артерий, образуя накопления металлических руд. 3

Таким образом, благодаря жизнедеятельности железобактерий поддерживается круговорот железа в природе. 3 Со временем на дне водоёмов образуются накопления железных руд, годных для промышленной разработки. 3

Кроме того, когда обескисленная вода достигает источника кислорода, железобактерии превращают растворённое железо в нерастворимую красновато-коричневую студенистую слизь, которая обесцвечивает русла ручьёв и может испачкать сантехнику, одежду или посуду, вымытую водой, несущей её. 1