Для защиты данных при массовом удалении организаций в 1С можно предпринять следующие шаги:

1. Сделать резервную копию базы перед проведением удаления организации. 3
2. Проверить базу на наличие перекрёстных ссылок разных организаций в одном документе. 1 Если такие ссылки есть, их нужно устранить в индивидуальном порядке. 1
3. Использовать обработку универсального удаления. 2 Она позволяет выборочно удалять данные из базы 1С, в том числе неиспользуемые элементы справочников и неактуальные организации. 1 При этом есть возможность провести анализ пересечений документов с другими организациями и таким образом уберечься от того, что при удалении обороты по другой организации изменятся. 1
4. Запускать обработку удаления помеченных объектов для контроля ссылочной целостности и непосредственного удаления. 1 Даты запрета изменения данных будут сняты и установлены обратно после выполнения автоматически. 1
5. После завершения удаления данных выполнить тестирование и исправление ИБ в режиме Конфигуратора (раздел «Администрирование» — «Тестирование и исправление»). 1

Также можно разделить данные разных организаций по нескольким базам: сделать необходимое количество копий базы и в каждой выполнить обработку, указав удаляемые организации. 1

Для получения более подробной консультации по защите данных при массовом удалении организаций в 1С рекомендуется обратиться к специалисту.