Загрязнение водоёмов негативно влияет на популяцию малоротых окуней, так как этот вид чувствителен к изменению качества воды и воздействию загрязняющих веществ. 2

Попадание большого количества биогенных элементов (удобрения, канализационные стоки, отходы животноводства) усиливает застой воды, вызывает цветение воды, приводит к зарастанию и заиливанию дна и часто является причиной массовых заморов рыбы. 1

Кроме того, при разложении отходы выделяют токсины, которые влияют на зоопланктон, и, как следствие, на пищевую цепочку и рост рыбы. 1

Также малоротый окунь может проявлять признаки иммуносупрессии и эндокринных нарушений в ответ на изменение качества воды. 2