Восточно-Африканская рифтовая долина влияет на климат и экосистемы региона следующим образом:

• Климат. Регионы с более высокой высотой, включая Эфиопское нагорье и Кенийское нагорье, являются очагами повышенного количества осадков среди полузасушливых и аридных низменностей Восточной Африки. 2 Озера, которые образуются в пределах рифта, например озеро Виктория, являются источником водяного пара, а также приводят к образованию систем озёрного бриза, которые влияют на погоду на обширных территориях Восточной Африки. 2
• Экосистемы. Вокруг рифтовых озёр сформировались уникальные экосистемы, которые зависят от специфического состава воды и условий среды, присущих рифтовым районам. 1 Эти водоёмы обеспечивают разнообразие флоры и фауны, поддерживают рыбное хозяйство и водоснабжение. 1 Климатические и географические условия Восточно-Африканской рифтовой долины создают разнообразные биомы, которые поддерживают редкие и эндемичные виды растений и животных, встречающиеся только в пределах этих рифтовых зон. 1