Восточная фруктовая муха негативно влияет на экосистему регионов, где она обитает, следующим образом:

• Уничтожает плоды растений. 12 Личинки мухи питаются мякотью плодов, из-за чего они портятся и теряют товарные качества. 12 Если личинок несколько, а плод небольшой, они могут съесть его почти полностью или полностью. 1
• Заносит в плоды патогенные бактерии или грибы. 12 Откладывая яйца, самка мухи заносит в плод патогенные бактерии или грибы, из-за чего место прокола обесцвечивается, а затем появляются участки загнивающей ткани. 2
• Снижает видовое разнообразие. 1 При освоении новых территорий восточная фруктовая муха может заменять на них местные виды плодовых вредителей, вытесняя их. 1