Водяные крысы (водяные полёвки) могут оказывать негативное влияние на экосистему водоёмов и окружающую среду, например:

• Уничтожение растений. 12 Водяные крысы поедают культурные растения, в том числе в поймах рек и вблизи водоёмов. 2 Они повреждают саженцы садовых и лесных деревьев, что наносит ущерб садоводству и лесоводству. 2
• Создание почвенных коммуникаций. 5 Норы, оставленные полёвками, заселяют муравьи, осы, мыши. 5 Расположенные близко к поверхности грунта подземные ходы нередко обваливаются, портя внешний вид участков. 5
• Вынуждение птиц покидать гнёзда. 3 Иногда водяные крысы поселяются в толще гнёзд водоплавающих птиц, вынуждая их бросить кладку. 3
• Перенос заболеваний. 12 Водяные крысы являются переносчиками туляремии, омской геморрагической лихорадки, лептоспироза и других болезней. 2

На численность водяных крыс влияет состояние окружающей среды: в засушливые годы с жарким летом количество животных резко снижается. 1