Водотоки влияют на экосистему регионов следующим образом:

• Формируют характер водных, химических и биологических процессов. 1 Взаимодействие водных масс с рельефом местности, почвой, гидробионтами и другими элементами экосистемы определяет геоэкологические особенности рек в различных природных зонах. 1
• Служат приёмниками загрязняющих веществ. 4 В них поступают сточные воды промышленных и сельскохозяйственных предприятий, коммунального хозяйства, а также талые воды и ливневые стоки с городских территорий, промплощадок, полигонов хранения твёрдых отходов. 4
• Обеспечивают транспорт питательных веществ. 3 Речной поток с одной стороны обеспечивает транспорт питательных веществ с разных точек речной системы, с другой — через него проявляются всевозможные гидрологические явления (паводки, засуха). 3

Состав водной флоры и фауны водотоков определяется их территориальной близостью, гидрологическими условиями и антропогенной нагрузкой. 5