Подводные обитатели могут влиять на безопасность лодок, например, при столкновении с ними. 1 Так, киты иногда не замечают плавсредства из-за дезориентации шумом винтов или намеренно таранят не нравящиеся им объекты в воде, в том числе подводные лодки. 1

В 1965 году во время тестовых испытаний в открытом море американская атомная подводная лодка «Сидрэгон» столкнулась с синим китом. 1 В результате удара на корпусе появилась вмятина, а гребной винт пришлось обездвижить вместе с двигателем. 1

Кроме того, обрастание судов беспозвоночными животными и водорослями (биообрастание) может снижать безопасность лодок, так как сообщества организмов селятся на дне судна в толще воды. 4 Для решения этой проблемы учёные разработали специальное покрытие, которое защищает корабли от обрастания, не вредя морской фауне. 4