Зарастание водоёмов негативно влияет на местные экосистемы, приводя к ряду негативных последствий, среди которых:

• Ухудшение качества воды. 3 Чрезмерное развитие водной растительности, особенно сине-зелёных водорослей, вызывает цветение воды, снижает содержание растворённого кислорода, загрязняет берега органическим илом. 3 В результате водоём может стать непригодным для купания и питьевого водоснабжения. 1
• Снижение биологического разнообразия. 3 Гибель придонных растений из-за недостатка света приводит к гибели других организмов, для которых эти растения служат местом обитания или вышестоящим звеном в пищевой цепи. 1
• Замор рыбы. 3 Снижение содержания кислорода в воде вызывает гибель рыб и беспозвоночных организмов. 3
• Потеря рекреационного значения. 5 Зарастание водоёмов приводит к тому, что они теряют свою значимость как источники чистой воды. 4

Однако есть и исключения: некоторые зарастающие мелководья нуждаются в охране, так как являются стациями редких видов флоры и фауны. 2