Загрязнение может ухудшить качество межпластовых вод, хотя обычно они защищены от проникновения загрязнённых поверхностных стоков. 15

Некоторые факторы, которые влияют на качество межпластовых вод из-за загрязнения:

• Повышение концентрации минералов. 13 Из-за тесного и продолжительного контакта с горными породами, усугубленного давлением, в воде может увеличиться содержание кальция, магния, кремния, соединений фосфора и фтора, мышьяка, свинца и других веществ. 13
• Появление вредоносной микрофлоры. 1 Она может быть занесена в результате человеческой деятельности, например, при бурении артезианских скважин. 1
• Ухудшение качества воды при использовании нескольких буровых скважин одновременно. 3 Это влечёт за собой увеличение водообмена водных ресурсов. 3

Загрязнение межпластовых вод происходит крайне редко: только при нарушении целостности водоупорных слоёв или при отсутствии надзора за старыми скважинами, бывшими в эксплуатации на протяжении долгого времени. 5

Чтобы оценить качество межпластовых вод, при открытии новой скважины по их добыче проводят профессиональный лабораторный анализ. 1