Прозрачность воды влияет на экосистему водоёмов следующим образом:

• Определяет световые условия в водной массе. 3 От распределения солнечной энергии зависит видовой состав фитопланктонного сообщества, его фотосинтетическая активность и распределение по глубине. 3
• Связана с толщиной эвфотической зоны. 3 В её пределах в результате фотосинтеза в основном продуцируется органическое вещество. 3
• Приводит к неравномерному распределению тепловой энергии. 3 Это влияет на протекание гидротермодинамических процессов в водоёмах. 3
• Ускоряет возникновение и стабилизацию стратификации в водоёме. 5 Также уменьшается перенос кислорода из воздуха в воду. 5
• Снижает эффективность фотосинтеза. 5 Это влияет на биологическую продуктивность водоёма. 5

Кроме того, прозрачность воды даёт информацию о развитии планктонных сообществ, об общем содержании автохтонного и аллохтонного органического вещества и используется как показатель трофического статуса озера. 2