Некоторые негативные последствия влияния Чебоксарской ГЭС на экологию региона:

• Затопление и подтопление территорий. 24 Потери сельхозугодий и лесов, вынужденное переселение населения, нарушение транспортных связей. 2
• Ухудшение химического состава и санитарных показателей воды. 24 Это негативно сказывается на здоровье человека, так как река Волга является источником питьевого водоснабжения. 2
• Деградация экосистем. 2 Погибают многие ценные растения, в том числе редкие и реликтовые виды, занесённые в Красную книгу. 2
• Ущерб рыбному хозяйству. 24 Затопление значительного количества пойменных участков реки Волга и ослабление её течения влечёт перестройку местной ихтиофауны. 2
• Усиление экзогенных геологических (оползневых) процессов. 2

Кроме того, в прилегающих к водохранилищу населённых пунктах повышается уровень грунтовых вод, заболачиваются ранее плодородные земли. 5