Трепанги играют важную роль в экологии морских экосистем. 1 Своими щупальцами они взрыхляют дно, тем самым разрушая детрит (неразложившиеся частицы животных и растений). 1

Однако есть и другое влияние трепангов на экологию: они могут способствовать разрушению коралловых рифов. 2 В процессе питания трепанги растворяют карбонат кальция из окружающих рифов, из-за чего те могут ослабляться и переставать расти. 2

Также сокращение численности трепанга, который является активным деструктантом органики, может привести к эвтрофикации донных участков и ухудшению условий обитания представителей бентосной эпи- и инфауны. 3