Тренировки ниндзя были направлены на развитие различных навыков: 2

• Координация развивалась через хождение по канату, акробатические элементы, жонглирование, бег по координационной лестнице, различные прыжки и кувырки. 2
• Для развития реакции использовались ловля мяча, уклонение от боксёрской груши и выполнение упражнений по сигналу. 2
• Выносливость развивалась путём большого комплекса упражнений, куда входили прыжки на скакалке, бег и плавание. 2
• Взрывную силу тренировали при помощи спринтов, запрыгиваний на возвышенность и рывковой техники выполнения упражнений. 2
• Прыжки были важным элементом тренировок: воины выполняли прыжки со стен, высота которых могла доходить до шести метров. 7 Для оттачивания техники группировки при падении использовалась обувь с амортизирующей подошвой. 7
• Плавание было ещё одним видом тренировочного процесса: важным было умение не только проплывать без остановок большие расстояния, но и хорошо нырять и подолгу задерживать дыхание. 7

Некоторые психологические приёмы, которые использовали ниндзя:

• Искусство обмана. 1 Ниндзя учили использовать ложное направление и манипуляции, чтобы запутать и сбить с толку, отвлечь внимание от своих целей, облегчая незаметное нанесение удара. 1
• Методы контроля сознания. 1 Ниндзя могли читать язык тела и мимику своих жертв и использовать эту информацию для манипулирования их эмоциями и мыслями. 1
• Сила страха. 1 Ниндзя понимали, что страх может обездвижить жертву, лишить её способности действовать и дать убийце преимущество. 1 Они были обучены внушать страх своим жертвам с использованием таких тактик, как психологическая война и запугивание. 1