Тектонические озёра влияют на экосистему региона следующим образом:

• Изменение минерального и солевого состава озёр. 2 В процессе взаимодействий одни элементы переходят в жидкость, другие оседают в донных отложениях. 2 В некоторых водоёмах, не имеющих стока, увеличивается содержание солей из-за испарения, что приводит к кардинальному изменению минерального и солевого состава озёр. 2
• Смягчение климатических условий приближённых к ним территорий. 2 Крупные тектонические озёра снижают сезонные и годовые погодные колебания благодаря масштабной тепловой инерции. 2
• Изменение прибрежных геосистем. 4 Например, затопление формировавшихся прибрежных территорий осушения может привести к изменениям очертаний рекреационных зон. 4

Кроме того, тектонические озёра и их водосборы часто имеют богатый набор природно-рекреационных ресурсов, что также влияет на экосистему региона через рекреационную деятельность. 4