Строительство плотины Итайпу оказало определённое воздействие на экологию региона. 1 После наполнения водохранилища были затоплены огромные территории — более 1300 кв. км, и около 40 000 человек были переселены. 2 Под воду ушло более 8 000 домов и ферм, сельскохозяйственные поля, а также гектары тропического леса, где обитали дикие животные. 2

Однако руководство ГЭС стремилось минимизировать негативное влияние на окружающую среду и биоразнообразие региона. 1 Например, на берегах водохранилищ был реализован проект лесовосстановления, и сегодня полоса растительности защищает более 98% водоёма. 1 Вокруг территории станции была создана природоохранная зона, где было посажено более 44 миллионов деревьев. 1

Также для смягчения последствий сельского хозяйства в районе Итайпу создали террасы для управления ливневыми дождями и увеличения удержания воды в почве, распространили прямые или беспахотные посадки, чтобы уменьшить потребность в пестицидах и сохранить почву более влажной, а также начали использовать отходы животноводства для производства биогаза. 1