Системный подход помогает в изучении экологических систем следующим образом:

• Определяет составные части экологической системы (подсистемы) и взаимодействующие с ней объекты внешней среды. 4 Это позволяет установить совокупность внутренних и внешних связей. 4
• Позволяет выявить факторы и взаимосвязи, которые впоследствии могут оказаться весьма существенными. 3 Это даёт возможность изменять методику наблюдений и эксперимент, чтобы включить эти факторы в рассмотрение, и освещает слабые места гипотез и допущений. 3
• Помогает найти законы функционирования экологических систем и их изменений в результате различных воздействий. 4
• Позволяет усовершенствовать модели и приёмы моделирования, что влияет на тактику экологических исследований и даже на методологические установки исследователей. 2

При системном подходе используются математический аппарат, методы многомерной статистики и методы неформального анализа, такие как метод экспертиз, метод опроса, эвристические методы и компьютерное моделирование. 3