Шатт-эль-Араб негативно влияет на экосистемы региона. 4 Интенсивное использование вод бассейна Тигра и Евфрата на орошение сельхозугодий, производство электроэнергии и осушение болот разрушают местные экосистемы и приводят к росту солёности вод. 4

Кроме того, река является местом аккумуляции чужеродных видов, которые интенсивно и равномерно расселяются, что влияет на биоразнообразие. 13 Зарегулирование речного стока и изменения климата оказывают негативное воздействие на нативную фауну, способствуя вторжению в водную систему чужеродных видов из прилегающих районов. 1

Также заполнение водохранилищ на реке приводит к затоплению плодородных пойменных почв, инфраструктурных объектов, в том числе населённых пунктов и исторически ценных мест. 2