Санитарная микробиология помогает контролировать загрязнение окружающей среды несколькими способами:

• Оценка путей воздействия человека и животных на окружающую среду. 12 Санитарные микробиологи изучают, как происходит обмен микрофлорой между людьми, животными и средой их обитания, а также как деятельность человека может приводить к накоплению опасных микроорганизмов и загрязнению различных объектов. 1
• Определение степени микробного загрязнения. 23 Для этого используют количественные методы, которые позволяют установить количество микроорганизмов в единице объёма исследуемого объекта. 23 Чем больше санитарно-показательных микроорганизмов, тем выше вероятность наличия патогенных микроорганизмов, выделяющихся теми же путями. 23
• Разработка нормативов. 12 Санитарная микробиология разрабатывает государственные санитарные стандарты и другие нормативы, которые определяют соответствие микрофлоры объектов внешней среды гигиеническим требованиям. 1
• Разработка рекомендаций по оздоровлению окружающей среды. 1 На основе результатов исследований разрабатывают мероприятия по оздоровлению объектов внешней среды путём воздействия на их микрофлору и проверяют эффективность этих мероприятий. 1

Таким образом, санитарная микробиология позволяет оценивать санитарное благополучие объектов внешней среды, определять степень их загрязнения и разрабатывать меры по охране окружающей среды. 12