Рыбная промышленность может негативно влиять на экосистемы прибрежных регионов по нескольким причинам:

• Органическое загрязнение. 1 Избыток питательных веществ из пищи и экскрементов рыбы с ферм повышает уровень содержания органики в воде, образуются донные отложения. 1
• Химическое загрязнение. 1 Часто на фермах используют противопаразитарные препараты, средства для очистки от обрастаний, антибиотики, кормовые красители. 1 Эти вещества могут иметь непредсказуемые последствия для морских организмов и здоровья человека. 1
• Генетическое загрязнение. 1 Искусственно выращиваемые виды могут конкурировать с дикими видами рыб, скрещиваться с местными дикими популяциями, ухудшая генетическое разнообразие и устойчивость диких видов. 1
• Конфликты с местными хищниками. 1 Садки с рыбой привлекают морских птиц, тюленей и других морских млекопитающих, с которыми рыбоводы вынуждены вести борьбу различными методами, вплоть до отстрела. 1
• Снижение водообмена внутри водоёмов. 1 Группы садков, связанные между собой, могут периодически блокировать внутренние бухты, замедляя течение и уменьшая скорость водообмена. 1
• Истощение биологических ресурсов. 2 Особенно губительны для природы два способа ловли: донное траление и дрифтерный лов. 2 Они разрушают хрупкие кораллы и выдирают леса водорослей. 2

Для снижения негативного влияния рыбной промышленности на экосистемы необходимо разрабатывать критерии оценки воздействия, проводить постоянный мониторинг хозяйств и их влияния на окружающую среду. 1