Байкальская рифтовая зона влияет на особенности рельефа и сейсмическую активность в районе озера Байкал следующим образом:

Рельеф: Приморский разлом, один из элементов рифтовой зоны, проявляется в виде уступа рельефа вдоль западного побережья Байкала. 3 Максимальная высота уступа достигает 600 метров. 3

Сейсмическая активность: наиболее активные сейсмические процессы приурочены к линейным областям, ориентированным по простиранию рифтовой зоны в направлении северо-восток — юго-запад. 1 Высокая сейсмичность наблюдается в зонах наибольших напряжений, приуроченных к концам разломов, узлам их пересечений либо местам резкого изменения их простирания. 1

Кроме того, по северо-восточному флангу рифтовой зоны проходит граница Амурской микроплиты, из-за чего берега Байкала расходятся, а забайкальский блок отделяется и смещается на юго-восток со скоростью 3,4 мм в год. 5