Река Юкон служит важной артерией для местной фауны и флоры, так как обеспечивает среду обитания для различных видов животных и растений. 2

Для флоры в окрестностях реки характерны такие виды деревьев, как осина, берёза, тополь, сосна и ель. 3

Фауна Юкона включает множество млекопитающих (олени, волки, гризли, койоты, лоси, бизоны, рыси, лисы, росомахи, куницы, горностаи, ласки, норки, на северном побережье территории живут белые медведи). 5 Также здесь обитают грызуны (белки, лемминги, бобры, пищухи, полёвки, дикобразы, ондатры, выдры), более 250 видов птиц (вороны, белоголовые орланы, беркуты, кречёты, сапсаны, 5 видов гусей) и большое разнообразие рыб (налим, щука, много видов лососёвых). 5

Однако на экологическую обстановку в регионе влияет сброс в Юкон сточных вод населённых пунктов ниже по течению. 3 Кроме того, из-за изменения климата, например таяния вечной мерзлоты, возникают такие проблемы, как быстрое таяние льда и затопление снега, эрозия и повреждения от мусора вдоль реки. 1