Река Уфа и её бассейн влияют на экологическую ситуацию в регионе, в частности в Башкортостане, с негативной стороны. 15

Некоторые факторы, которые приводят к загрязнению реки и ухудшению экологии:

• Деятельность промышленных предприятий. 1 Вдоль берегов Уфы расположены различные производства, которые загрязняют воду. 1 Например, в 1990 году из-за аварии на заводе «Химпром» в реку попали опасные соединения — фенол и диоксин. 2
• Сельскохозяйственная деятельность. 1 Вдоль берегов реки находятся обширные угодья, откуда в неё с дождевой водой попадают удобрения и пестициды. 1
• Ливневые канализации. 2 Стоки сливают без должной очистки, что также влияет на загрязнение вод. 2
• Деятельность туристов. 13 Многие приезжающие отдохнуть на реку оставляют за собой мусор, который в половодье смывается, оседает на берегах и попадает в реку. 3

Загрязнение реки и прибрежных зон приводит к негативным последствиям для флоры и фауны. 3 Например, рыбы и птицы принимают пластик за пищу, что ведёт к их гибели. 3