Рио-Гранде влияет на экосистему приграничных регионов следующим образом:

• Обмеление реки из-за интенсивного забора воды на орошение и бытовые нужды населения приводит к тому, что Рио-Гранде пересыхает полностью или распадается на цепь мелких озёр. 5 Это ставит под угрозу исчезновения некоторые виды, например карликовую форель, креветки, многих птиц и зверей. 5
• Отсутствие дельты реки из-за того, что она перестала регулярно впадать в Мексиканский залив, привело к тому, что пропала некогда обширная плавневая дельта. 5
• Загрязнение реки различными видами деятельности, такими как неправильно установленные и обслуживаемые септические системы, свалки, нагнетательные скважины, вывоз отходов на землю, орошение, стоки, площадки для кормления животных, приводит к химическому и микробиологическому загрязнению водных ресурсов. 3

При этом Рио-Гранде служит важным природным ресурсом для промышленности, сельского хозяйства, бытового водоснабжения, рекреации и среды обитания диких животных для обеих стран. 3