Река Пахра негативно влияет на экологическую обстановку в Московской области из-за загрязнения несанкционированными сбросами сточных вод и сливами канализации. 1 Специалисты относят её к 4 классу — «очень грязная». 1 Основными загрязнителями поверхностных вод являются предприятия жилищно-коммунального хозяйства. 1

В некоторых местах загрязнение рек повлияло на водоносные слои, поэтому стало опасно пить воду, и жители сельской местности не могут поливать ею свои участки. 2

Также река Пахра является притоком Москвы-реки, которая также очень загрязнена. 2

Для улучшения экологического состояния реки планируется, например, устранить все источники загрязнения, расчистить берега и акваторию от мусора, удалить донные отложения, обогатить воду кислородом и высадить водные растения. 2