Река Нева негативно влияет на экологическую ситуацию в Санкт-Петербурге и Ленинградской области из-за загрязнения. 12 Это происходит из-за сброса в реку коммунальных и ливневых вод промышленных предприятий и населённых пунктов прибрежной зоны. 1 Также в Неву попадают стоки с сельхоз территорий, в которых есть ядохимикаты, удобрения и навоз. 2

В местах поступления сточных вод образуются зоны загрязнения, где вследствие высоких концентраций загрязняющих веществ ограничивается или полностью прекращается водопользование и происходит деградация экосистем. 3

Кроме того, малые реки и каналы в дельте Невы имеют низкую скорость течения, что делает их уязвимыми к антропогенному воздействию. 1

Для решения проблемы загрязнения Невы в Санкт-Петербурге действует региональная программа «Чистые воды Санкт-Петербурга», которая направлена на улучшение качества систем водоотведения и водоснабжения. 1