Река Маккензи влияет на климат и экосистему региона следующим образом:

Климат: во всём бассейне реки отличаются суровые зимы. 12 Средние температуры воздуха в южных плодородных районах в июле приближаются к 16 °C, в дневное время варьируя от 21 °C до 29 °C. 1 С декабря по март над долиной Маккензи устанавливается область высокого атмосферного давления, и среднедневные температуры в большей её части падают до −25 °C и ниже. 1

Экосистема: вдоль реки произрастают хвойные леса, тундра и болота. 3 В центральной и южной части бассейна Маккензи преобладает ель сизая, местами как единственный вид деревьев. 1 Часто, но не регулярно встречается берёза бумажная. 1 На заболоченных участках обычна ель чёрная, иногда смешанная с лиственницей американской. 1 В реке Маккензи обитает 54 вида рыб, многие из которых мигрируют между ней и её притоками либо между рекой и морем. 1