Река Маккензи влияет на биоразнообразие региона следующим образом:

• Создание условий для обитания различных видов животных и птиц. 12 Многочисленные протоки между островами, озёра и пруды создают удобные условия для популяции ондатр. 1 На берегах реки встречаются лоси, бобры, норки и лесные лягушки. 1 Летом в дельте приносят потомство белухи. 1 Река служит важным миграционным путём для перелётных птиц, среди которых белый гусь, малый лебедь и канадский журавль. 12
• Влияние на растительность. 1 Деградация подпочвенного слоя многолетней мерзлоты приводит к постепенному изменению экосистем в долине Маккензи: на смену еловым лесам, растущим на мерзлоте, приходят низинные болота либо плоские торфяники. 1
• Влияние на рыбную фауну. 1 Ихтиофауну Маккензи, подобно другим арктическим рекам, отличает невысокое видовое разнообразие, при этом среди обитающих в ней рыб преобладают крупные, долгоживущие виды, способные на дальние миграции. 1 В реке обитает 54 вида рыб, многие из которых мигрируют между ней и её притоками либо между рекой и морем. 12

Однако глобальные изменения климата угрожают экологической обстановке в районе реки Маккензи. 12 В частности, таяние вечной мерзлоты может привести к загрязнению реки и её окрестностей отходами нефте- и газодобычи, а изменения в режиме выпадения и таянии снега — к изменениям высоты воды в весенне-летний и осенне-зимний периоды. 12