Река Колыма используется в судоходстве для грузоперевозок. 5 Она судоходна от устья реки Бахапча, регулярное судоходство начинается от Сеймчана. 2

Продолжительность навигации — 4–5 месяцев. 2 Основные порты: Сеймчан (Колымское), Зырянка и в устье — Черский (Зелёный Мыс). 2

По реке Колымской судоходной компанией вывозится уголь из Зырянки вверх и вниз по реке, обеспечивая топливом потребителей Магаданской области, Чукотки и Якутии. 4

Также в Зелёном мысу, недалеко от устья Колымы, происходит перевалка грузов с речных судов на морские и наоборот. 4