Регулирование стока Енисея приводит к следующим изменениям водного режима:

• Более равномерное распределение водности в течение года. 1 Это достигается за счёт регулирования сброса воды из водохранилищ в период половодья. 1
• Снижение водности летне-осенних паводков. 3 Если в обычных условиях на тёплое время приходилось 63% годового стока, в условиях регуляции цифра снизилась до 58,3%. 3 При этом общая водность реки увеличилась с 571 до 596 км³. 3
• Увеличение стока в холодный период. 23 Если в естественных условиях на холодный период приходилось 13,1% годового стока, в зарегулированных условиях этот показатель увеличился до 21,5%. 23
• Изменение ледового режима. 4 Например, ниже Саяно-Шушенской ГЭС на участке длиной 165 км вплоть до г. Абакана летом температура воды ниже бытовых значений, зимой при средних температурах ледяной покров отсутствует. 4

Также после зарегулирования реки сток взвешенных наносов уменьшился в среднем до 4,7 млн т/год, мутность воды снизилась до 8 г/м³. 2