Речной окунь влияет на экосистему водоёмов следующим образом:

• Входит в ядро ихтиоценозов. 1 В большинстве малых водоёмов и рек северо-западной части России окунь наряду с плотвой и щукой составляет ядро рыбного сообщества. 1 В некоторых малых озёрах окунь обеспечивает функционирование ихтиоценоза за счёт каннибализма старшевозрастных особей. 1
• Является элементом верхнего трофического звена. 2 Как и другие хищные рыбы, окунь накапливает в органах и тканях повышенные концентрации многих химических веществ, включая тяжёлые металлы и радионуклиды. 2
• Дифференцируется по размерам. 3 Окуни более крупных размеров переходят на питание рыбой и значительно увеличивают темп роста. 3 Более мелкие особи продолжают питаться бентосом и со временем всё больше отстают в размерах от хищников. 3

По мнению отдельных ихтиологов, распространение окуня оказалось негативным образом на численности некоторых аборигенных видов рыб. 5