Речной окунь может влиять на популяции других видов рыб в водоёмах следующим образом:

• Сокращение численности некоторых видов. 1 Окунь является хищником и потребляет узкотелых рыб. 3 Часто его жертвами становятся малоценные с точки зрения промыслового лова рыбы: колюшки, гольяны, молодь плотвы. 3
• Конкуренция за ресурсы. 5 В малых водоёмах с низкой продуктивностью и бедной кормовой базой окунь может составлять конкуренцию другим видам рыб, например видам-бентофагам. 5 Например, в условиях Карелии окунь может конкурировать с малотычинковым сигом. 5
• Каннибализм. 3 Для водоёмов, населённых исключительно окунем, характерен каннибализм: взрослые особи зачастую поедают молодых окуньков. 3

По мнению отдельных ихтиологов, распространение речного окуня может иметь негативные экологические последствия, в частности, отрицательно влиять на численность некоторых аборигенных видов рыб. 1