Расположение озёр Виктория и Танганьика в рифтовой зоне Восточной Африки влияет на их геологическую историю следующим образом:

• Озеро Виктория возникло при образовании озёрных впадин Альберт и Эдуард в центральной ветви Восточно-Африканской зоны разломов. 3 Разломы нарушили прежний сток во впадину Конго, в результате чего образовалась новая система стока, повёрнутая на восток. 3 Так появился огромный озерный водоём, который получил сток на запад, в озеро Альберт и далее к бассейну Нила. 3
• Озеро Танганьика располагается в глубочайшей тектонической впадине Африки и является частью древней Восточно-Африканской рифтовой зоны. 3 В разные периоды во впадинах возникали и затем исчезали, заполняясь осадками, озёрные водоёмы, которые можно рассматривать как прообразы современных рифтовых озёр, в том числе Танганьики. 4 В современном виде Западный рифт и расположенные в нём озёра образовались уже в кайнозое, на неотектоническом этапе развития Африканского континента. 4