Система специализированных природоохранных прокуратур в России организована по бассейновому (экосистемному) принципу. 12
Прокуратуры создаются применительно к бассейнам основных внутренних морей (например, Каспийская бассейновая прокуратура), рек (Волжская межрегиональная природоохранная прокуратура, Амурская бассейновая природоохранная прокуратура), озёр (Байкальская межрегиональная природоохранная прокуратура). 12
Такой принцип позволяет обеспечить гибкость, глубину, целенаправленность, последовательность и динамичность прокурорского надзора на закреплённой территории. 1
Природоохранные специализированные прокуратуры приравниваются по своему положению к районным (городским) прокуратурам и подвластны прокурорам государственных субъектов страны. 3
Некоторые функции природоохранных прокуратур: