Система прослеживаемости для импортных товаров работает следующим образом: 2

1. При ввозе в Россию импортёр регистрирует каждую партию в налоговой. 2 Он самостоятельно формирует регистрационный номер партии товара (РНПТ) или получает его от ФНС. 2
2. При продаже и покупке прослеживаемых товаров участники оборота обмениваются электронными документами с РНПТ. 12 Плательщики НДС для обмена используют счета-фактуры, а те, кто не платит НДС, — отгрузочные документы. 1
3. По всем операциям с импортными товарами, подлежащими прослеживаемости, участники системы отчитываются в ФНС. 1 Если участник системы платит НДС, он подаёт отчётность в обновлённой декларации НДС. 1 Помимо декларации, он сдаёт специальный отчёт об операциях с прослеживаемыми товарами, если они выбыли из оборота или были приобретены у неплательщиков НДС. 1 Такой же отчёт сдают участники системы, которые не являются плательщиками НДС. 1 Для сдачи отчётных документов установлен срок — до 25 числа месяца, следующего за истёкшим отчётным периодом. 1

Отчёты в налоговую и документы, которые связаны с прослеживаемыми товарами, нельзя отправлять в бумажном формате, только в электронном — через операторов электронного документооборота (ЭДО). 2