Система контроля проезда на МЦД работает следующим образом:

1. Проверка билетов у турникетов. 1 На некоторых станциях МЦД нет турникетов, поэтому контроль оплаты проезда осуществляется и у них. 1
2. Контроль в поездах. 1 Это необходимо, так как часть поездов МЦД — дальние, и пассажир может заехать на диаметр без билета. 1 В связи с этим контроль оплаты проезда проводится непосредственно в самих поездах. 1

Если пассажир при входе забыл приложить к валидатору карту «Тройка», ему придётся купить билет на выход на станции прибытия. 4 Если забыть валидировать карту на выходе, то не получится бесплатно пересесть на метро и МЦК: полная стоимость поездки на метрополитене спишется в момент прохода через турникеты подземки. 4

Если пассажир встретил контролёров, выехав из зоны тарификации МЦД по «Тройке», ему придётся доплатить по тарифу плюс дополнительные 100 рублей за оформление билета. 2 Если же контролёры встретились внутри зоны тарификации МЦД, достаточно дать им на проверку «Тройку» или банковскую карту, которой платили на входе. 2