Шифрование сообщений в мессенджерах работает следующим образом: 2

1. Во время начала сеанса связи на устройстве каждого собеседника генерируются по два ключа: открытый и закрытый. 2 Последний используется для расшифровки данных, этот ключ не покидает пределы локального устройства. 2
2. Открытый ключ по открытому каналу связи передаётся собеседнику (одному или всем, в случае, если их несколько). 2 С помощью открытого ключа собеседник может только зашифровать данные, а расшифровать их может только обладатель соответствующего закрытого ключа. 2
3. Сгенерировав по паре ключей, собеседники обмениваются открытыми ключами, после чего начинается защищённое общение. 2
4. Текст, видео, аудио, файлы после шифровки у отправителя попадают на сервер, где хранятся, пока получатель не будет в состоянии получить данные. 2 После этого, в зависимости от стратегии компании — обладателя сервера, данные либо уничтожаются, либо сохраняются ещё на какой-то срок. 2

В разных мессенджерах процесс шифрования может отличаться. Например, в Telegram используется протокол шифрования собственной разработки MTProto, а в Signal и WhatsApp — протокол Signal, который применяет сквозное шифрование. 12