Пустыня Калахари влияет на экосистему Южной Африки следующим образом:

• Создаёт особые условия для растительности. 1 Из-за дефицита воды растения приспособились к непростым условиям и успевают за четырёхнедельный период дождей пустить ростки и принести семена. 1
• Способствует разнообразию животного мира. 1 Несмотря на засушливый климат, Калахари даёт приют множеству животных — около 46 видов млекопитающих. 2 Эта территория с суровым климатом стала домом для многих видов змей, птиц, грызунов, хищников, например, для леопардов, гепардов, гиен, шакалов, некоторых видов антилоп. 1
• Формирует временные водоёмы. 1 В период сильных дождей на обширных плоских понижениях собирается вода и образуются временные озёра, которые быстро высыхают, но играют важную роль в водопое скота. 1
• Влияет на деятельность человека. 2 Бушмены центральной и южной Калахари выживают за счёт того, что роют ямы на дне русел высохших рек и в низинах. 2 Когда и подземные источники воды иссякают, бушмены добывают воду из содержимого желудков антилоп, на которых они охотятся. 2

Однако есть и негативные прогнозы: экологи считают, что активность пустыни может ограничить деятельность человека, так как из-за изменения климата ветры становятся всё активней, а осадков — всё меньше. 2 Бродячий песок может снова захватить едва освоенные человеком саванные земли. 2