Протоки влияют на экосистему озёрно-речных систем следующим образом:

• Выполняют функции водообмена. 2
• Участвуют в перераспределении взвешенных и растворённых веществ. 2
• Служат путями миграции гидробионтов. 2 Это позволяет поддерживать оптимальную численность их популяций. 2
• В зимнее время выполняют роль стации переживания рыбы во время заморов в реке, так как многие из них представлены ручьями с достаточно аэрированной водой. 1

Кроме того, изучение экологического состояния речных проток между озёрами позволяет выявить направления и особенности обмена видовым составом, что влияет на биологическое разнообразие озёрных экосистем. 2