Протоки влияют на экосистему водоёмов и речной сети следующим образом:
  - Создают разнообразие местообитаний.                                                                          ru.wikipedia.org                       Проточные воды могут изменять форму русла, создавая стремнины, перекаты и заводи.                                                                          ru.wikipedia.org                      
  - Определяют гидрологический режим.                                                                          kpfu.ru                       Например, протоки дельты реки Лены считаются менее благоприятными для развития зоопланктонных сообществ из-за нестабильного гидрологического режима, высокой скорости течения и отсутствия заросших литоральных зон.                                                                          kpfu.ru                      
  - Позволяют биоте использовать вымываемые из затопленных берегов органические вещества и биогены.                                                                          elib.sfu-kras.ru                       Например, длительное удержание высокого уровня воды в протоке, как в случае с Абаканской протокой реки Енисей в черте Красноярска, привело к увеличению численности и биомассы фито- и зоопланктона.                                                                          elib.sfu-kras.ru                      
  
 Также изменения в гидрологическом режиме затрагивают не только водоёмы, но и земли поймы, которые перестают получать взвеси с биогенным наилком.                                                                          solex-un.ru                       Этот питательный материал в меженный период участвует в развитии наземных экосистем (лугов, сельхозугодий, кустарниковых зарослей и пойменных лесов).                                                                          solex-un.ru