Протоки влияют на экосистему водоёмов и речной сети следующим образом:

• Создают разнообразие местообитаний. 1 Проточные воды могут изменять форму русла, создавая стремнины, перекаты и заводи. 1
• Определяют гидрологический режим. 2 Например, протоки дельты реки Лены считаются менее благоприятными для развития зоопланктонных сообществ из-за нестабильного гидрологического режима, высокой скорости течения и отсутствия заросших литоральных зон. 2
• Позволяют биоте использовать вымываемые из затопленных берегов органические вещества и биогены. 4 Например, длительное удержание высокого уровня воды в протоке, как в случае с Абаканской протокой реки Енисей в черте Красноярска, привело к увеличению численности и биомассы фито- и зоопланктона. 4

Также изменения в гидрологическом режиме затрагивают не только водоёмы, но и земли поймы, которые перестают получать взвеси с биогенным наилком. 5 Этот питательный материал в меженный период участвует в развитии наземных экосистем (лугов, сельхозугодий, кустарниковых зарослей и пойменных лесов). 5