Промышленное использование анфельции, как и любая деятельность в прибрежных зонах, может оказывать влияние на экосистему. 14

Некоторые возможные последствия:

• Уменьшение запасов анфельции. 1 Интенсивная эксплуатация промысловых полей может приводить к уменьшению количества водорослей. 1
• Загрязнение. 3 Водоросли, в том числе анфельция, накапливают в своих тканях химические вещества, как биогенные (азот, фосфор), так и токсические (тяжёлые металлы). 13 Использование водорослей, промысел которых осуществляется в антропогенно загрязнённых районах, может быть опасным. 3
• Образование отходов. 2 В процессе промышленной переработки анфельции и других агарсодержащих красных водорослей образуется большое количество твёрдых волокнистых отходов, утилизация которых является серьёзной экологической проблемой. 2

Для минимизации негативного влияния необходимо соблюдать меры по рациональной эксплуатации естественных полей анфельции, увеличивать их продуктивность, восстанавливать и искать новые акватории для заселения водорослями. 1