Промысел моллюсков может оказывать разное влияние на экосистему прибрежных вод.

С одной стороны, исследования показывают, что при правильно организованном промысле он не приводит к заметным негативным структурным перестройкам биоты. 1 Видовой состав гидробионтов в районах промысла зарывающихся двустворчатых моллюсков остаётся неизменным на протяжении всего периода исследований. 1

С другой стороны, взмучивание донных осадков в процессе промысла может способствовать более полному пищевому использованию органических веществ. 1 Это связано с тем, что большинство обитателей песчаных прибрежных грунтов — фильтраторы. 1

Также добыча моллюсков может положительно влиять на экосистему, так как они выполняют функцию поглотителя углерода, удаляя углерод из морской воды. 2

Кроме того, моллюски могут служить биоиндикаторами загрязнения экосистемы прибрежной зоны, накапливая в своём организме загрязняющие вещества, содержащиеся в воде. 4