Происхождение котловины озера влияет на состав воды следующим образом: в зависимости от происхождения котловины озёра могут быть пресными или солёными. 1

Например, в котловинах прибрежно-морского происхождения на начальном этапе котловина заполнена солёными морскими водами, в дальнейшем образовавшееся солёное озеро постепенно опресняется. 2

В полупустынных и пустынных аридных зонах в бессточных озёрах с интенсивным испарением происходит постепенное повышение солёности озёрных вод. 2 Концентрация солей может повышаться настолько значительно, что из пересыщенной солями воды (рапы) происходит осаждение соли на дно озера. 2

В озёрах гумидных областей накапливаются преимущественно алевро-глинистые отложения, часто с большим количеством органики. 2 Отмершие организмы, а также материал, сносимый в озеро, откладываются на дне и образуют озёрные отложения, состоящие из органических остатков. 2