Самоочищение воды в озере Байкал происходит благодаря комплексу гидрохимических, гидрофизических и биологических факторов. 4

Некоторые процессы самоочищения:

• Активный водообмен. 1 Происходит интенсивное смешивание глубинных, поверхностных и срединных слоёв воды. 1 Чтобы поверхностные слои достигли дна водоёма, требуется около 5 месяцев. 1
• Насыщение воды кислородом. 14 Функцию кислородного насыщения выполняют глубоководные течения и волновые процессы, которые переносят и перемешивают воду практически во всех векторах водной толщи. 1
• Работа фитопланктона. 1 Водоросли в процессе фотосинтеза продуцируют огромное количество кислорода, который участвует в аэробных процессах водоёма и выполняет функцию самоочищения. 1
• Деятельность организмов-фильтраторов. 2 К ним относятся, например, моллюски, губки, мшанки, веслоногие рачки. 2 Фильтраторы пропускают через себя массы воды, используя отцеженные мелкие планктонные организмы для питания. 2
• Работа гумусовых веществ. 1 Они нейтрализуют загрязнители различной химической природы посредством химических реакций. 1 В результате образуются комплексные и обычно нерастворимые соединения — гуматы. 1 Они оседают на дно водоёма, где перерабатываются активным илом — некоторыми бактериями, дрожжами, актиномицетами. 1

Однако, по мнению некоторых учёных, способность Байкала к самоочищению не так высока и утрачивается из-за пожаров, отсутствия паводков и потребностей энергетиков. 5